del I
En kraftfuld ræv kendt som ni-Tails angriber Konoha, den skjulte landsby i delstaten Fire, en af de fem store Shinobi Lande i Ninja verden. Som svar, lederen af Konoha, den fjerde Hokage, forsegler ræv inde i kroppen af sin nyfødte søn, Naruto Uzumaki, på bekostning af faderens liv, hvilket gør Naruto en jinchuriki af dyret. Som barn, er Naruto isoleret fra Konoha samfund, der angår ham, som om han var ni-Tails. Et dekret foretaget af NARUTO KOSTUMER lederen Tredje Hokage forbyder nogen nævne Ni-Tails til andre. Tolv år senere, renegade ninja Mizuki afslører sandheden til Naruto før bliver besejret af ham med den Shadow Clone Jutsu teknik, tjener respekt for hans lærer Iruka Umino. Kort efter, Naruto bliver en ninja og er tildelt sammen med Sasuke Uchiha, som han ofte konkurrerer imod, og Sakura Haruno, om hvem han har en crush, at danne en tre-personers hold, Team 7, under en erfaren sensei, eliten ninja Kakashi Hatake. Ligesom alle de ninja hold fra hver landsby, er Team 7 ladet med at udfylde missioner af landsbyboere anmodet, der spænder fra at gøre gøremål og være livvagter til at udføre snigmord.
Efter flere missioner, især en til delstaten Waves, Kakashi tillader Team 7 til at deltage i en ninja eksamen giver dem mulighed for at gå videre til en højere rang og dermed deltage i mere vanskelige missioner. I løbet af eksamener, Orochimaru, en NARUTO KOSTUMER eftersøgt kriminel, invaderer Konoha og dræber den tredje Hokage for hævn. Dette tvinger en af de tre legendariske ninja, Jiraiya, at søge med Naruto for Tsunade der er nomineret til at blive den femte Hokage. Under søgningen er det afsløret, at Orochimaru ønsker at erhverve Sasuke på grund af hans stærke genetiske arv, Sharingan. At tro Orochimaru vil være i stand til at give ham den nødvendige styrke til at dræbe sin ældre bror Itachi (der ødelagde deres klan), Sasuke til sidst slutter sig ham efter et ydmygende nederlag af hans bror. Tsunade sender en gruppe ninja, herunder Naruto, at hente Sasuke, men Naruto er ude af stand til at NARUTO KOSTUMER bringe ham tilbage til landsbyen. Men Naruto og Sakura ikke give op på Sasuke. Naruto forlader Konoha for at træne under Jiraiya formynderskab at forberede sig til næste gang han støder Sasuke, mens Sakura bliver Tsunade lærling.
