Naruto Uzumaki er en ung dreng, der er forseglet Kurama (Devetoopashatata Fox Demon). Tolv år før starten af historien, ræv angrebet Konoha- landsby skjult i bladene og dræbte mange mennesker. Hvis du vil gemme Konoha fra den visse undergang, lederen af landsbyen og ninjaer i det - Fjerde Hokage - ofret for at forsegle dæmon i Naruto, på dagen for hans fødsel. Beboere i Konoha imidlertid behandlet Naruto, som om han er en dæmon og undgås under det meste af sin barndom. Tredje Hokage, der erstattede den fjerde efter hans død, har vedtaget en lov, som ingen nævner angrebet på Fox på Konoha. Dette omfattede Naruto, som ikke var klar over den dæmon inde i ham. År senere, er Naruto narret af Mizuki forræder ninja at stjæle en rulle af forbudte teknikker, men blev stoppet af sin lærer - Iruka Umino. Mizuki overtræder forbuddet mod at afsløre sandheden om forsegling af Naruto Costumes dæmon så Naruto lærer, at han er lukket for Devetoopashatata Fox. Da Iruka blev alvorligt såret forsvare Naruto fra Mizuki, Naruto jutsu brugte hvad han lærte fra rulle og skaber flere kloner af sig selv, Shadow Clone Technique, at besejre Mizuki.
Den vigtigste Historien følger Naruto og hans klassekammerater fra Academy of Ninjas. Naruto bliver venner Sasuke Uchiha og Sakura Haruno, som sammen med ham i Team 7 under tilsyn af talentfulde ninja Kakashi Hatake. Ligesom alle andre hold i landsbyen, skal Team 7 udføre missioner og anmoder bønderne for eksempel gøre husarbejde eller have livvagter nogen. Efter flere missioner, Kakashi giver holdet til at deltage i chuunin eksamen, der giver dem mulighed for at tilegne sig højere placering og deltage i mere vanskelige missioner. Under eksamen, Orochimaru - den mest eftersøgte forbryder Konoha, angreb landsbyen og dræber tredje Hokage efter hævn. En af de tre legendariske ninjaer - Dzhirayya har til opgave at finde hans tidligere holdkammerater - Tsunade valgt at blive Naruto Costumes den femte Hokage. Under søgningen afslørede, at Orochimaru ønsker at bringe Sasuke på grund af hans fremragende evne og genetiske arv. At tro, at Orochimaru kunne give ham den nødvendige styrke til at opfylde sin hævn over sin bror Itachi der dræbte hele sin klan, Sasuke undgik ham. Tsunade sender en gruppe af ninja herunder Naruto til Sasuke tilbage til Konoha, men Naruto mislykkes i sit forsøg på at besejre ham og bringe ham tilbage. Naruto ikke give op og forlade Konoha for at træne i de næste to et halvt år med Dzhirayya som vogter, der forbereder sig til sit næste møde med Sasuke.
