Lucy vender tilbage til Desmond Abstergoyits og væk

Lucy vender tilbage til Desmond Abstergoyits og væk, tage ham til et sikkert sted, og assasini for Shaw og Rebekka. Brug Animusi forbedret version af Auditorei Dezmonde beviser til Ezio, som var en adelsmand i Firenze XV århundrede. Hendes far og brødre var blevet henrettet. Han, hans mor og hans søster var gemmer sig i en villa ejet af hans onkel Mario. Han hjælper Etsioyin mester assasinakan færdigheder. Etsion og Marion finde, Rodrigo Borgia Tempelridderne leder og medskyldig i mordet på deres familie. De blev kendt som Borgia erhvervede æbler kaldet "stykke af paradis" Alice in the Country of Hearts
. Etsion baghold af Borgia, der ville give hende det stykke, men det lykkedes at flygte. Et årti senere, broderskab opdager, at Borgia blev pave Alexander VI og bruge kirkens indflydelse, forbedret tampliernerin. Besejret Borgia og spilder sit liv Etsion brug af æble og "pavelige midler," han talte med Desmond gennem Minerva. Minerva forklarer, at den store katastrofe venter menneskeheden og frygter, at det vil ske snart, og skæbne menneskeheden i hænderne på Desmond. Det var klart, at det sikreste sted, som var Dezmondn fandt var Abstergon, og han tager hende væk derfra.

Spil handling begynder i 1499, da han flygtede efter Etsioyi og vælge en samtale i Rom med sin onkel Mario Auditorei. Efter Monterijonin (ITAL., Monteriggioni), som var Auditorei Villa, belejret af den pavelige enorme hær. Belejringen udført af Rodrigo søn, Borgia. Borgia kanoner til at ødelægge byen, og Chezaren Etsioyi før nedlæggelsen onkel Mario. Etsion Cesare besluttede at tage hævn og gik til Rom. Undervejs Etsion miste bevidstheden på grund af en kamp at skyde hans skulder.
De foranstaltninger, der træffes til dato til 1500, når det begynder at genoplive enhed, som var Makiavellin Nikollo leder, der efter overdragelsen af titlen til Etsioyin Halloween Danmark
. Etsion løbet af spillet forsøger at finde dem, der dræbte hans familie og hævn, tilbagevenden til Rom for fred, orden og velstand.

Future Dezmonde, Lucy, Schoen og Rebbekan kommer Monterijoni. De fandt tilflugt i helligdommen nær Revisors villa til tampliernere ikke finde dem. De fortsætter med at søge himlen Apple at forhindre den truende katastrofe.

Etsion Bartolomeoyi La Volpei og Claudia hjælp lært, at Paradise Apple solgte en gitanakani, undersøgelsen, Santa Katerina Sfortsan Angelo Slot i næste uge, og Chezaren vil være med paven. Desuden La Volpi rapporterer, at Makiavellin forræder, og selv viser ham møde med Borgia soldater. Men tillidsfuld Makiavelliin, Etsion spørger La Volpein ikke foretage forhastede antagelser. Efter Etsion invadere slottet og sparer Katerina, men ikke formår at nå Cesare Assassins Creed Kostumer
. Men endelig besluttet at genskabe assasinneri Etsion broderskab. Samme aften Etsion møder Leonardo da Vinci, Leonardo og derefter genskaber Etsioyi mistede kanoner. Det viser sig, at den videnskabsmand, der har købt æblerne, Leonardo havde ret, men Rodrigo havde taget det. Da Vinci informerer også om sine programmer og faciliteter skabt til Cesare tropper, der Etsion skal fjerne.